Management accounting kan vara ett effektivt verktyg för affärsplanering, strategisk utveckling och intern övervakning. Samtidigt finns det potentiella problem som kan uppstå genom att endast förlita sig på förvaltningsbokföring. Att förlita sig endast på ledningsbokföring kan vara farligt och leda ett företag i fel riktning. Chefer måste vara medvetna om nackdelarna med förvaltningsbokföring så att de kan utvärdera den information som lämnas på ett kritiskt sätt. Chefer som kan göra detta kommer att kunna använda ledningsbokföringsinformation tillsammans med annan information för att fatta välgrundade affärsbeslut.
Brist på standardisering
Finansiell redovisning är mycket standardiserad, med finansiella revisorer som använder riktlinjer som generellt godkända redovisningsprinciper (GAAP). I stark kontrast till detta har ledningsredovisning inte en uppsättning standardprocedurer. En förvaltningsrevisor kan utforma sina egna system och mätvärden för att utvärdera en organisations ekonomi. Nackdelen med detta är att en revisors metod kan variera kraftigt från andras metod. Detta kan leda till inkonsekvenser i det sätt som finansiella riktmärken och utvärderingar mäts. Det kräver också att revisorer är mycket mer kunniga och kan tolka de redovisningssystem som utvecklats av andra.
Överbelastning på kvantitativ information
Kvantitativa data kan vara värdefulla för att göra välgrundade affärsbeslut. Ledningsredovisning fokuserar emellertid uteslutande på kvantitativa åtgärder och ignorerar faktorer som inte kan mätas i dollar och cent. Det kan till exempel tyckas att göra ekonomisk mening att flytta en produktionsanläggning till en region med lägre lönekostnader. Ledningsredovisning kan beräkna lönebesparingarna och vissa kostnadsökningar som kan uppstå (till exempel fraktkostnader eller importtullar). Ledningsredovisning kan emellertid inte vara av betydelse för saker som besparingar som är relaterade till samhällets medlemmars goda vilja i regionen eller PR-problem som kan härröra från ett sådant beslut. Ledningsredovisning är mycket rationell, men ibland är det helt rationellt kan vara en nackdel.
Subjektivitet
Management accounting möjliggör en stor subjektivitet när man skapar mätvärden och metoder för att mäta prestanda. Detta är problematiskt eftersom revisorns personliga övertygelser och fördomar kan påverka hur prestanda mäts. Om ett förvaltningskonto exempelvis krävs för att mäta produktiviteten hos arbetstagare, kan hon exempelvis fokusera exakt på utdata och inte ta hänsyn till arbetstagarinmatningar som kan ha en djupgående effekt på den totala produktiviteten. Detta påverkar både företaget och medarbetarna. Företaget påverkas eftersom informationen som den använder kanske inte är bäst och anställda kan påverkas om de anser att de inte utvärderas rättvist.