Den typ av organisationsstruktur som ett företag väljer att använda kommer att påverka anställningsrelationer, kundservice och affärsrelationer. En organisk organisationsstruktur har som mål att skapa flexibilitet för förändring som kan initieras av anställda. En platt organisationsmodell som begränsar mängden hierarki i en organisation, den är byggd kring medarbetarnas eller arbetarnas tankar, behov och feedback. Medan en organisk organisationsstruktur uppmuntrar demokrati på arbetsplatsen, har det nackdelar som behöver övervägas.
Inga gränser
Organisationens medlemmar definierar en organisk organisationsstruktur. Det innebär att regler, gränser och standarder kan förändras allt beroende på gruppmedlemmarnas inflytande. Det kan fungera bra i vissa organisationer men kan leda till girighet och själviska motiv i stället för företagsansvar. Bristen på gränser kan också påverka kundrelationer om en kund ges olika svar på samma fråga.
Ofruktiva direktiv
När ledarskap ger direktiv kan dessa direktiv bli oproduktiva på grund av bristande motivation. Om till exempel en organisk organisationsstruktur genomfördes i en lokal brottsbekämpande myndighet skulle behovet av brådskande och omedelbar riktning inte existera. I denna situation behövs en mer auktoritativ organisationsstruktur där underordnade svarar direkt på order.
Ineffektivt ledarskap
Om makten ligger i arbetstagarens händer kan det leda till ineffektivt ledarskap. Till exempel, om de anställda brukar styra sig själva och sedan ledarens försök att genomföra förändring, kan de anställda inte svara på riktningen eftersom de uppfattar sig som ledarskap. Ledarskap i en organisk organisationsstruktur behöver förbli definierad och aktivt involverad i beslutsfattandet och politiken. En organisk organisationsstruktur kan också avlägsna övergripande ledning från företagets dagliga affärer.
Kommunikationshinder
En organisk organisationsstruktur kan skapa kommunikationshinder mellan avdelningar. Eftersom avdelningarna är självstyrande kan konflikter enkelt uppstå mellan två avdelningar som inte ser saker på samma sätt. En annan kommunikationsbarriär är bristen på definition. Om varje avdelning definierar olika policyer olika, kan en avdelning kanske inte förstå det meddelande som en annan avdelning skickar.